高研院設立三個重大專項研究領域，以頂層設計的方式，邀請個別研究有成的校內學者為主持人，圍繞重大專項研究領域展開子項目研究計劃，以期通過文理交叉、跨越科際分野、協同交流的團隊合作方式，創造具有影響深遠的標誌性學術成果。三個重大專項研究領域各由一位副校長督導，並由其委任的督導委員會給予協助。
高研院的重大專項計劃子項目，由督導副校長在督導委員會協助下加以物色或籌組，個別教師亦可自薦予相關督導副校長考慮。子項目由督導副校長提請學術委員會審議通過，並諮詢顧問委員會作實。正式通過後，在院方網站公佈，並由高研院協助執行及申報成果。子項目經費來源多樣，校內或校外均可，高研院一般提供基本研究補助經費，但視因應情況，亦可能考慮投放更多經費予策略性或前瞻性的子項目。
中華文明與文化交流
從人文及社會科學的角度，探討澳門如何發展成為以中華文化為主流、多元文化共存的交化交流平臺。與人文學院、社會科學學院、法學院、 工商管理學院、教育學院、中國歷史與文化中心、孔子學院等緊密合作，創造協同效應。
宗旨：
- 令澳門的中國文化更豐富、多彩、創意
- 在多元文化語境建構全球適用的中國論述
- 促使澳大成為境外的中國文化世界重鎮
文理滙流創新機
與澳門大學國家重點實驗室及新開發的跨領域科研重點如腦科學、人工智能及大數據研究等緊密結合，探討科技發展所引發的倫理、法律、社會、商業及其他人文問題。與協同創新研究所、人文學院、社會科學學院、法學院、 工商管理學院、教育學院、科技學院、健康科學學院等緊密合作，創造協同效應。
宗旨：
- 促進人文與科技的對話
- 探索文理交叉的前沿課題
- 創造文理會通的協同效應果
環球視野下的澳門
通過建構貫通古今的新澳門歷史敘事，探討社會文化變遷，研究與澳門社會穩定與經濟發展有關的重大議題。與人文學院、社會科學學院、法學院、 工商管理學院、教育學院、科技學院、健康科學學院及澳門研究中心等緊密合作，創造協同效應。
宗旨：
- 為澳門的法律、教育、商業、文化領域提供研究為本的政策參考
- 從比較、跨學科跨域、環球的視野，提升對澳門的了解
- 促進跨學科跨域的澳門研究